En cuanto a la estructura química:

• Los minerales tienen sus átomos ordenados, formando una celda unidad o celdilla elemental que se repite en su estructura interna, y que da lugar a formas geométricas determinadas, no siempre visibles a simple vista.
• Las celdas unidad forman cristales que se agrupan y forman una estructura de red o malla cristalina.Los cristales que constituyen minerales se forman, normalmente, con gran lentitud. Cuanto más lenta es su formación, más ordenadas se encuentran sus partículas y, por tanto, mejor es la cristalización.
• Los cristales se forman o crecen según unos ejes o planos de simetría. Los sistemas cristalinos agrupan a las 32 clases de simetría que puede tener un cristal. Estas clases de simetría se agrupan en los siete grupos fundamentales.
• En el caso de no formar cristales, se habla de minerales amorfos o falsos minerales.
• Los cristales de un mineral generalmente no se presentan aislados sino que forman agregados
• Si dos o más cristales crecen según un plano o eje de simetría forman una estructura mineral llamada macla; por ejemplo, el cuarzo cristal de roca .
• Cuando un mineral recubre la superficie de una roca se forma una drusa o dendrita; por ejemplo, la pirolusita.
• Cuando un mineral cristaliza en la cavidad de una roca se forman estructuras llamadas geodas; por ejemplo el olivino. Algunas pueden ser de gran tamaño, como la geoda de la mina Pulpi de Almería.

La amatista es un ejemplo de mineral que puede aparecer en forma de Geoda o de Drusa. Forma cristales en agregados y siguen un mismo patron de simetría.Amatista

La amatista es una variedad macrocristalina del cuarzo. Su color violeta característico puede ser más o menos intenso, según la cantidad de hierro (Fe+3) que contenga. Puede presentarse coloreada por zonas con cuarzo transparente o amarillo. Las puntas suelen ser más oscuras o degradarse hasta el cuarzo incoloro.

A pesar de que es muy resistente a los ácidos, la amatista es muy susceptible al calor. De hecho, al calentarla a más de 300 °C cambia su color a café pardo, amarillo, anaranjado o verde, según su calidad y lugar de origen:

450 °C: se vuelve amarilla
500 °C: toma un color anaranjado fuerte (amatista quemada)
600 °C: se vuelve muy lechosa

Estos cambios en la coloración se deben a los cambios en la valencia del hierro que contiene, entre otras cosas. Se puede recuperar el color original de la amatista sometiéndola a irradiaciones. Se diferencia de otras piedras tratadas al calor en que presenta un dicroísmo púrpura azulado y púrpura rojizo.

No tiene una absorción del espectro lumínico característica. Suele presentar inclusiones en forma de marcas paralelas, conocidas como rayas de cebra y arañazos de tigre, causadas por maclas romboédricas.